目前食品行业喷码技术的主要难点有：
1、在各种不同材质表面进行标识。食品的包装材质与标识内容多种多样，要在不同的材质表面标识不同的内容，需要有适用于不同要求的一系列的喷头型号，包括能获得极高标识质量的小字符喷头；若采用激光喷码技术，则需选择可依靠对比度、清晰度、高度等多种调节，来获得精确标识效果的激光机。
2、喷印质量，能否获得清晰、高品质的标识，喷印质量是生产企业关心的问题。喷码机油墨的附着力通常是油墨选型的一个重要参考指标。在高光洁度和高密度的表面应选取高附着力的油墨，普通情况以选取通用油墨为佳。对于一些需在食品上喷码的情况，应选食品级墨水或环保墨水。对于喷码后马上要包装的产品，油墨的干燥时间尤为重要，可选快干型的油墨，也可采取添加吹风装置加快油墨干燥。总之，油墨的选择根据实际产品的材质和生产环境的变化而变化。
3、适合严峻的生产环境和严格的卫生要求。食品生产厂家在选择喷码机的时候，必须要考虑耐高潮湿、高粉尘的性能。因此喷码机的不锈钢构造和IP65保护装置常常很有必要。